Aus einem Ablassbrief des Jahres 1409 wissen wir, dass es in Niedernsill zu dieser Zeit schon eine eigene Kirche gegeben hat. Die Kirche von Niedernsill wird darin als Filialkirche von Piesendorf ausgewiesen. Das war eine gotische Kirche mit drei Altären.
Bei der Erneuerung des Bodens unserer jetzigen Pfarrkirche sind wir auf ihre Grundmauern gestoßen. Bekannt ist , dass diese alte gotische Kirche im Laufe der Zeit immer wieder von Naturkatastrophen heimgesucht wurde.
Am schlimmsten war wohl die vom 7. August 1798. Bei einem Unwetter wurde die Kirche bis zur „halben Höhe des Hochaltares mit Wasser angefüllt und nach Ablauf des Wassers blieb der Letten 1,40 m hoch in der Kirche zurück". Das Ausmaß der Katastrophe war unvorstellbar. Die Kirche war mehr oder weniger unbrauchbar geworden. Da man sich aber nicht für einen Abriss und einen Neubau entschließen konnte und in einer so kleinen Gemeinde die finanziellen Mittel nicht vorhanden waren, blieb dieser Zustand bestehen.
Erst 1865, nachdem Niedernsill 1857, also einige Jahre zuvor, zur Pfarre erhoben worden war, wurden die alten gotischen Mauern niedergerissen, weil die Kirche „mehr einem verwüsteten Stall, denn einer Kirche gleich schaute". Die Pläne für den Neubau stammen von Bauinspizient Georg Kamml. Das neue Gotteshaus konnte am 20 Oktober 1872 feierlich eingeweiht werden.
Aber schon fünf Jahre später brach neuerlich eine Katastrophe herein: am 7. Oktober 1877, es war der Rosenkranzsonntag, und der Bischof verweilte in Niedernsill zur Firmung. Da setzte um 2 Uhr morgens ein Dorfbrand die Kirche in Flammen. Die neue Kirche wurde arg in Mitleidenschaft gezogen. Mit viel Mühe und unter großer Spendenbereitschaft aus vielen Gemeinden des Landes begann der Wiederaufbau. Große Probleme bereitete dabei der Turm. Durch den Kirchenbrand war er einsturzgefährdet, sodass er überhaupt neu errichtet werden musste.
Am 22. Oktober 1882 erfolgte neuerlich eine Einweihung der Kirche. Diese verblieb dann bis zum Jahre 1959.
Inzwischen hatten aber der Zahn der Zeit und die Feuchtigkeit der Kirche arg zugesetzt. Unter Pfarrer Franz Hauthaler erfolgte daher neuerlich eine Renovierung. Diese verlief aber nicht so glücklich. Das Ergebnis der Renovierung war ein grauer, kahler Raum mit einem großen Presbyterium, in dessen Mitte ein drei Tonnen schwerer Altartisch aus weißem Jurastein stand.
Erst 1991 entschlossen sich die Verantwortlichen der Pfarre zu einer Renovierung, die genau so gründlich sein sollte, wie die vor 135 Jahren, als man die gotischen Mauern abriss und sie durch einen Neubau ersetzte.
Die einzelnen Maßnahmen:
Zum feierlichen Abschluss der Renovierungsarbeiten zelebrierte am 15. Oktober 2000 Weihbischof Jakob Mayr einen Festgottesdienst mit Weihe des neuen Volksaltares und des Ambo.